Manfred Baumgärtner absolvierte zunächst ein Fagottstudium in Mannheim und Berlin und ist seit 2007 Solofagottist der Jenaer Philharmonie. Er war vielfacher Preisträger des Wettbewerbs Jugend musiziert, zudem Stipendiat der Studienstiftung des deutschen Volkes, der Bundesauswahl Konzerte Junger Künstler des Deutschen Musikrats und Stipendiat des Bundespräsidenten im Rahmen des Felix-Mendelssohn-Bartholdy-Wettbewerbs. Viele Jahre unterrichtete er als Lehrbeauftragter an der Universität der Künste Berlin. Regelmäßige Gastengagements führen ihn als Solofagottist an die Bayerische Staatsoper München, die Deutsche Kammerphilharmonie Bremen, zum Radio-Sinfonieorchester Kopenhagen (Dänischer Rundfunk), zum Rotterdams Philharmonisch Orkest u.a.
Aufbauend auf einem Dirigierstudium bei Prof. Nicolás Pasquet an der Hochschule für Musik Franz Liszt in Weimar tritt Manfred Baumgärtner seit einigen Jahren vermehrt auch als Dirigent in Erscheinung. In diese Zeit fallen Begegnungen mit der Thüringen Philharmonie Gotha-Eisenach und dem Sinfonieorchester Carl Zeiss Jena. Mit dem Akademischen Orchester Leipzig debütierte er Anfang 2026 im Gewandhaus zu Leipzig. Manfred Baumgärtner ist außerdem künstlerischer Leiter des Blasorchesters Schott Jena.